Հայկական ԽՍՀ կառավարության որոշմամբ 1931թ. Երևանում ստեղծվեց «Մայրության և մանկության պահպանության ինստիտուտը», որը 1937թ. վերանվանվեց «Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի գիտահետազոտական ինստիտուտ»-ի:
Նրա տնօրեն նշանակվեց պրոֆեսոր Գ.Յ. Արեշյանը:

Ինստիտուտի գործունեության առաջին 15-20 տարիներին, երբ հանրապետությունում մոլեգնում էր մալարիան, ինստիտուտի աշխատակիցներին, բնականաբար, զբաղեցնում էր մեկ հիմնական խնդիր՝ «հղիությունը և մալարիան»: Այս խնդրին զուգահեռ աշխատակիցները զբաղվում էին հետևյալ հարցերի մշակմամբ.

1. Հայկական խորհրդային սոցիալիստական հանրապետությունում կնոջ ֆիզիոլոգիայի և ախտաբանության առանձնահատկությունները:
2. Արգանդի քաղցկեղը
3. Հանրապետության բնակչությանը մանկաբարձա-գինեկոլոգիական ծառայությունը և գիտա-գործնական օգնություն կազմակերպելու հարցերի մշակումը
4. Խորհրդատվական համագործակցություն Հայկական ՍՍՀ Առողջապահության նախարարության Մոր և մանկան բուժ-կանխարգելիչ օգնության վարչության հետ
5. Ծննդաբերության ցավազրկումը
6. Մեռածածնության, մայրական և մանկական մահացության հարցերը
7. Ներարգանդային պտղի և նորածնի ֆիզիոլոգիան և ախտաբանությունը:

1950 թվականից հանրապետությունում, արդյունաբերության բուռն զարգացման հետ կապված՝ հատկապես քիմիական, ինստիտուտն սկսեց ակտիվ կերպով զբաղվել կնոջ օրգանիզմի յուրահատուկ ֆունկցիաների վրա աշխատանքային պայմանների և կենցաղի թողած ազդեցության հարցերով:
Այդ ժամանակահատվածում էլ հայտնվեցին առաջին գիտահետազոտական աշխատանքները, որոնք նվիրված էին կադրերի պատրաստմանը, գիտա-գործնական և կազմակերպչական հարցերին:

1950 թվականին մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի ինստիտուտը տարանջատվեց համանուն ամբիոնից և փոխադրվեց կենտրոնական ծննդատան շենք (Լենինի պողոտա 22), ուր գործում է մինչ օրս: Այդ ժամանակ ինստիտուտի ղեկավար է նշանակվում գիտության վաստակավոր գործիչ, պրոֆեսոր Պարթև Մարգարյանը:

1973 թվականից մինչ 1989թ. Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի ինստիտուտի տնօրեն է եղել Գրիգորի Օկոևը: 1973 թվականին կատարվել է ինստիտուտի կառուցվածքային վերափոխում, փոխվել է նաև գիտական թեմատիկան: Այդ շրջանում ինստիտուտի բազայի վրա գործել են Երևանի Բժիշկների կատարելագործման պետական ինստիտուտի մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի և պաթոլոգիական (ախտաբանական) անատոմիայի ամբիոնները:

1981թ. ինստիտուտի բազայի վրա ստեղծվեց մարդու վերարտադրողականության գծով Առողջապահության Համաշխարհային Կազմակերպության (ԱՀԿ) Մոսկովյան կենտրոնի մասնաճյուղը: 1986 թվականից այն ձեռք բերեց ինքնուրույն կենտրոնի կարգավիճակ, լինելով միակը տարածաշրջանում, որը ևս գործում է մինչ օրս:

Այս շրջանում ինստիտուտում հիմնադրվեցին Հանրապետական բժշկա-գենետիկական կենտրոնը, Պերինատալ ախտորոշման հանրապետական կենտրոնը, Նորածինների հանրապետական պրոզեկտուրան, Գիտամեթոդական և Բարոթերապիայի հանրապետական կենտրոնները, Արհեստական սերմնավարման տարածաշրջանային կենտրոնը:

Այդ տարիների գիտական հետազոտությունները վերաբերում էին մեծ արդիականություն ունեցող առողջապահական խնդիրներին՝ «Ծննդաբերության ազդեցությունը պտղի և նորածնի վրա» և «Ձվարան-դաշտանային ֆունկցիայի որոշ խանգարումների կլինիկան և բուժումը»:

Ներդրվեցին պտղի հիպօքսիայի (թթվածնային քաղցի) և ասֆիքսիայի (շնչահեղձության) ախտորոշման մեթոդները (ֆոնոկարդիոգրաֆիա, արյան թթվա-հիմնային հավասարակշռության գնահատում, գերձայնային հետազոտություն և այլն):

1989թ. Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի գիտահետազոտական ինստիտուտը վերանվանվեց «Մոր և մանկան առողջության պահպանման գիտահետազոտական կենտրոն»-ի:

1989-1999թթ. Կենտրոնը ղեկավարվել է պրոֆ. Կառլեն Ակունցի կողմից: Շարունակվել և ավարտին են հասցվել որոշ նախկին թեմաներ և մշակվել նորերը. պտղի ներարգանդային վարակվածության, բնածին և ժառանգական ախտաբանությունների, էնդոկրին անպտղության մի շարք հարցեր:

1999 թ.-2023թթ. կենտրոնը ղեկավարել է պրոֆ. Գեորգի Օկոևը:

1999թ. ստեղծվել է նորածինների վերակենդանացման և ինտենսիվ թերապիայի ծառայություն՝ երեխաների խնամքի երկրորդ փուլի հետ միասին:

2002թ. ՄՄԱՊԳՀԿ-ի ցիտոգենետիկական (բջջաժառանգաբանական) լաբորատորիան ներդրել է քրոմոսոմային խանգարումների պրե-(նախա) եվ պոստնատալ (հետծննդյան) ախտորոշման ժամանակակից բարձր արդյունավետ մոլեկուլային ցիտոգենետիկ մեթոդ՝ ֆլյուորեսցենտային in situ հիբրիդացման (FISH) մեթոդը: Այսպիսով, Հայաստանի ցիտոգենետիկական հետազոտությունների շնորհիվ իրագործվեց հիվանդայցելուների գենետիկական (ժառանգաբանական) հետազոտության եռափուլ միջազգային ստանդարտը՝ կլինիկական հետազոտություն, հետազոտություններ՝ դասական ցիտոգենետիկական մեթոդներով և մոլեկուլային-ցիտոգենետիկական հետազոտություն:

Հայաստանում 2003թ. տեղի ունեցավ մեծ հեղաշրջում օժանդակ վերարտադրողական տեխնոլոգիաների կիրառման բնագավառում և առաջին անգամ ՄՄԱՊԳՀԿ-ում արտամարմնային բեղմնավորումից հետո կայացավ հղիություն, որը հաջողությամբ ավարտվեց 2004թ. փետրվարի 5-ին եռյակի ծնվելով:

2007թ.-ից ռենտգեն կաբինետում գործում է.

1. Նոր սերնդի ռենտգեն-դենսիտոմետր «HOLOGIC QDR 4500», որը մեծ հնարավորություններ է ստեղծում շուրջդաշտանադադարային տարիքի կանանց ախտորոշման, բուժման և դիսպանսերիզացիայի համար,
2. մամոգրաֆ («Siemens mammomat» սարք)՝ կրծքագեղձերի հիվանդությունների ախտորոշման համար, որը թույլ է տալիս էապես բարելավել կրծքագեզձերի խտաբանությունների ախտորոշման և բուժման որակը:

2023թ.-ի դեկտեմբերից «Մարգարյան ծննդատուն» ՄՄԱՊԳԿ-ը ղեկավարում է բ.գ.թ., Դավիթ Մելիք-Նուբարյանը