Կենտրոնի գիտական գործունեությունը ղեկավարում է Գիտական խորհուրդը`տնօրենի գլխավորությամբ: Գիտական խորհրդին կից գործում են փորձագիտական, նախապաշտպանական հանձնաժողովները, էթիկայի (բարոյագիտական) կոմիտե:

Կենտրոնի գիտական հետազոտությունները՝ ԱՀԿ-ի հետ միջազգային համագործակցության շրջանակներում, անցկացվում են՝ համագործակցելով ինչպես հանրապետության մյուս գիտական, այնպես էլ արտասահմանյան երկրների նմանատիպ մանկաբարձա-գինեկոլոգիական հաստատությունների հետ: Կենտրոնում ամեն տարի մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի հարցերով անցկացվում են գիտաժողովներ, թեմատիկ սեմինարներ:

Կենտրոնի կարևոր խնդիրներից մեկը հանդիսանում է գիտական նվաճումների գործնականում ներդրումը, որն իրականացվում է մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի, նեոնատոլոգիայի, լաբորատոր ախտորոշման, ավանդական բժշկության հրատապ հարցերով մենագրությունների, դասագրքերի, մեթոդական հանձնարարականների տեսքով:

Կենտրոնը մասնակցում է պետական գիտական ծրագրերի մշակմանը: Կենտրոնի աշխատակիցները ակտիվ մասնակցություն են ցուցաբերում ԱՀԿ-ի գիտաժողովների, կոնգրեսների, խորհրդակցությունների աշխատանքներին: Կենտրոնի գիտական ողջ աշխատանքը միավորված է մեկ ընդհանուր գլխավոր «Կանանց, մոր և նորածնի առողջության պահպանման գիտական հիմքերը» թեմային:

Գործնական առողջապահության մեջ մանկաբարձա-գինեկոլոգիական նվաճումների ներդրումը կենտրոնի հիմնական խնդիրներից մեկն է հանդիսանում: Այդ ուղղությամբ տարվող աշխատանքի մեթոդներն ու եղանակները բազմազան են. Դրանց թվին են դասվում.

- Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի ու հարակից առարկաների առավել հրատապ հարցերի շուրջը
կենտրոնում դասընթացների և սեմինարների կազմակերպումը
-«Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի հրատապ խնդիրներ» ամենամյան գիտա-գործնական կոնֆերանսի
կազմակերպումը
- Մենագրությունների, մեթոդական հանձնարարականների հրապարակումը
- Բժշկական պարբերական մամուլում գիտական աշխատանքների արդյունքների հրապարակումը
- Վեհաժողովներում (կոնգրեսներում), գիտաժողովներում կենտրոնի գիտաշխատողների զեկուցումները
- Մանկաբարձության և գինեկոլոգիայի առանձին հրատապ հարցերին վերաբերվող արտագնա
կոնֆերանսների և սեմինարների կազմակերպումը:

Գիտական հետազոտությունների հիմնական ուղղությունները.

- Բարձր ռիսկի հղիություն և ծննդաբերություն
- Նորածինների, հատկապես ցածր և ծայրահեղ ցածր քաշով, կրիտիկական վիճակների կանխարգելում,
ախտորոշում և բուժում
- Նորածինների ինտենսիվ թերապիայի (բուժման) հիմունքների և փուլերի մշակում
- Անպտուղ ամուսնություն
- Կանանց մոտ` տարիքի հետ կապված, նեյրո-էնդոկրին-նյութափոխանակային խանգարումներ
- Արգանդի վզիկի ֆոնային և նախաքաղցկեղային հիվանդություններ
- Վերարտադրողական առողջություն, սեռական ճանապարհով փոխանցվող հիվանդություններ
- Ժառանգական գործոնների դերը մանկաբարձա-գինեկոլոգիական ախտաբանության ծագման մեջ:

1933թ-ից կենտրոնում գործում է գիտական գրադարան:

Կենտրոնի վարչակազմի և աշխատակազմի ջանքերի շնորհիվ գրադարանը վերածվել է ժամանակակից, (ինտերնետի) համացանցի հասանելիությամբ բժշկական գրադարանի՝ հագեցված ոչ միայն հայերեն, այլև ռուսերեն և օտար լեզուներով գրականությամբ: Գրադարանի ֆոնդը կազմված է 11.137 միավոր գրքերից, ամսագրերից, հանրագիտարաններից, բառարաններից, մեթոդական հանձնարարականներից, սեղմագրերից (ավտոռեֆերատներից), ատենախոսություններից:

Գրադարանում, շնորհիվ համացանցի, կենտրոնի աշխատակիցները ազատորեն օգտվում են գիտական մյուս գրադարաններից և ավելի քան 1000 օտարալեզու բժշկակենսաբանական ամսագրերից: