Научной деятельностью Центра руководит Ученый Совет, возглавляемый директором. При Ученом Совете функционируют экспертная, апробационная комиссии, этический комитет. Научные исследования Центра проводятся в сотрудничестве с другими научными учреждениями республики, в рамках международного сотрудничества с ВОЗ, а также акушерско-гинекологическими учреждениями зарубежных стран.

В центре каждый год проводится международная научно-практическая конференция "Aктуальные вопросы акушерства и гинекологии", тематические семинары. Одной из важных задач Центра является внедрение научных достижений в практику, осуществляемое путем издания монографий, учебников, методических рекомендаций по актуальным вопросам акушерства и гинекологии, неонатологии, лабораторной диагностики, традиционной медицины. Центр участвует в разработке государственных научных программ. Научные сотрудники Центра принимают активное участие в работе международных конференций, конгрессов, совещаний ВОЗ. Вся научная работа Центра объединена общей центральной проблемой "Научные основы охраны здоровья женщины, матери и новорожденного".Внедрение научных достижений акушерско-гинекологической науки в практику здравоохранения является одной из основных задач Центра.

Методы и способы этой работы разнообразны.

К ним относятся:

Организация в центре курсов и семинаров по наиболее актуальным вопросам акушерства и
гинекологии и смежным дисциплинам.
- Организация ежегодной международной конференции "Актуальные вопросы акушерства и
гинекологии"
- Публикация монографий, методических рекомендаций
- Публикация результатов научных работ в периодической медицинской печати
- Доклад научных сотрудников Центра на конгрессах, конференциях и т.д.
- Организация выездных конференций и семинаров по отдельным актуальным вопросам
акушерства и гинекологии.

Основные направления научных исследований:

- Беременность и роды высокого риска
- Профилактика, диагностика и лечение критических состояний новорожденных, особенно с
низким и экстремально низким весом
- Разработка основ и этапов интенсивной терапии новорожденных
- Бесплодный брак
- Нейро-эндокринно-метаболические нарушения у женщин в возрастном аспекте
- Фоновые и предраковые заболевания шейки матки
- Репродуктивное здоровье, инфекции, передаваемые половым путем
- Роль наследственных факторов в генезе акушерско-гинекологической патологии.

В НИЦОЗМР действует научная библиотека, основанная в 1933г.

Благодаря усилиям администрации и сотрудников Центра библиотека превратилась в современную, с доступом в интернет, медицинскую библиотеку, оснащенную литературой не только на армянском, но и на русском и иностранных языках.
Фонд библиотеки состоит из 11137 единиц книг, журналов, энциклопедий, словарей, методических рекомендаций, авторефератов, диссертаций.
Благодаря интернету в библиотеке, сотрудники Центра имеют доступ к другим научным библиотекам и более чем 1000 иностранным медико-биологическим журналам.