Решением Правительства Армянской ССР в 1931 году в Ереване был организован "Институт охраны материнства и детства", материнский сектор которого в 1937 году был преобразован в Научно-исследовательский институт акушерства и гинекологии. Директором института был назначен проф. Г.Я.Арешян.Первые 15-20 лет деятельности института, когда в республике свирепствовала малярия, сотрудников Института естественно занимала основная проблема - "Беременность и малярия".

Помимо основной проблемы, сотрудники Института занимались разработкой следующих вопросов:

1. Изучение особенностей физиологии и патологии женщин в Армянской ССР
2. Рак матки
3. Разработка вопросов организации и научно-практической постановки акушерско-гинекологической помощи населению республики
4. Консультативное сотрудничество с Управлением лечебно-профилактической помощи детям и матерям Министерства здравоохранения Армянской ССР
5. Обезболивание родов
6. Вопросы мертворождения, материнской и детской смертности
7. Физиология и патология внутриутробного плода и новорожденного.

С 1950г. в связи с реорганизацией и расширением Института и бурным развитием промышленности, особенной химической, Институт начал интенсивно заниматься вопросами влияния условий труда и быта на специфические функции женского организма.
Именно в этот период появились первые научно-исследовательские работы, посвященные организационным, научно-практическим вопросам и подготовке кадров.

1950 թվականին Институт акушерства и гинекологии отделился от одноименной кафедры и был переведен в здание центрального роддома г. Еревана (пр. Ленина 22, в настоящее время пр. Маштоца 22), где и находится по сей день. Руководителем института был назначен заслуженный деятель медицины проф. П. О. Маркарян.

С 1973г. по 1989г. директором научно-исследовательского института акушерства и гинекологии был Гр. Г. Окоев. В 1973г. была произведена реорганизация структуры института, изменена научная тематика.
В этот период на базе института действовали 2 кафедры Ереванского института усовершенствования врачей: кафедра акушерства и гинекологии и кафедра патологической анатомии.

В 1981г. на базе института был организован филиал Московского сотрудничающего центра ВОЗ, который в 1986г. стал самостоятельным сотрудничающим центром ВОЗ, действующим по сей день.

На данном этапе в институте были развернуты республиканский медико-генетический центр, республиканский центр перинатальной диагностики, республиканская прозектура новорожденных, республиканский научно-методический центр, республиканский центр гипербарической оксигенации, региональный центр искусственной инсеминации.

Научные исследования касались больших проблем: "Влияния родов на плод и новорожденного" , "Клиника и лечение некоторых форм нарушения овариально-менструальной функции".

Были внедрены методы диагностики асфиксии и гипоксии плода (фонокардиография, оценка кислотно-щелочного равновесия крови, ультразвуковое исследование и т.д.).

    

В 1989г. Научно-исследовательский институт акушерства и гинекологии переименовался в Научно-исследовательский центр охраны здоровья матери и ребенка.

С 1989г. по 1999г. директором центра был проф. К.Б.Акунц. Были продолжены и завершены прежние темы и разработаны новые: некоторые вопросы внутриутробного инфицирования плода, врожденной и наследственной патологии, эндокринного бесплодия.

С 1999г. по настоящее время директором центра является проф. Г.Г.Окоев.

В 1999г. была создана служба реанимации и интенсивной терапии новорожденных со вторым этапом выхаживания.

В 2002г. цитогенетическая лаборатория НИЦОЗМР внедрила в пре- и постнатальную диагностику хромосомных аномалий современный высокоэффективный молекулярно-цитогенетический метод - метод флюоресцентной "in situ" гибридизации (FISH). Таким образом, в цитогенетической практике Армении был реализован трехэтапный международный стандарт генетического исследования пациентов: клиническое исследование, исследование классическими методами цитогенетики, молекулярно-цитогенетические исследования.

В 2003г. произошел прорыв в вспомогательных репродуктивных технологиях в Армении. Впервые в Армении в стенах НИЦОЗМР наступила беременность после экстракорпорального оплодотворения, которая успешно завершилась 05 февраля 2004г. рождением тройни.

С 2007г. в рентген кабинете функционирует:

1. Рентген-денситометр нового поколения "HOLOGIC QDR 4500", открывающий большие перспективы в решении проблемы диагностики, лечения и диспансеризации женщин перименопаузального возраста;
2. Маммограф (аппарат "Siemens mammomat") – для диагностики заболеваний молочных желез, что позволяет существенно повысить качество диагностики и лечения патологии молочных желез.